הנחת היסוד הציונית היא שהיהודים הם עם טריטוריאלי שגלה מארצו ומאז שואף לשוב אליה - האם מאשרות העובדות הנחה זו? מהו אפוא טיבו של העם היהודי? האם כבש העם את הארץ, או התהווה הדרגתית מבין תושבי ארץ כנען? האם התגבשה היהדות במעמד הר סיני, או במהפכה דתית שהתחוללה בגלות בבל? האם היהדות כדת אוניברסלית מגיירת ראשונה? האם הגולה כמצבה הטבעי של היהדות? האם הלאומיות היהודית המודרנית - תופעה מזרח - אירופית?
החשבון הלאומי מציע תשובות חדשות לשאלות ולהנחות אלו, ומוסיף שאלות והבחנות המערערות על המוסכמות הציוניות. לא זו בלבד, אלא שבשנים האחרונות התגשמו התחזיות הקשות שנחזו בספר בדבר פוטנציאל ההרס שבמיזוג משיחיות דתית אנטי - היסטורית עם מדיניות ממלכתית, שכתוצאה ממנו שוקעת ישראל היום יותר ויותר במערבולת דמים ללא מוצא ופתרון. הספר גם עוקב אחרי התפתחות היישוב והקמת המדינה כמנותקים מהאינטרסים של העם היהודי, ולעיתים גם כנוקדים אותם, ומראה כיצד הפכה המנהיגות היישובית, והמדינתית את יהודי העולם למכשיריו של המימסד הישראלי. הוא אף מצביע על כך שיחסים אלה מעוותים ומשחיתים את זהותם ותודעתם של יהודי התפוצות ואזרחי ישראל כאחד , ושפתרון הבעיות המערערות כיום את יסודות המדינה אפשרי רק עם הקמת מסגות פוליטית נייטראלית מבחינה אתנית ודתית.